Родился в Хиосе. Во время II мировой войны участвовал в Движения Сопротивления. Был схвачен нацистами и подвергался пыткам.
Во время гражданской войны в Греции (1946-1949) был отправлен в ссылку на остров Икария, а затем помещён в концлагерь на острове Макронисос, где также подвергался пыткам и избиениям.
В 1950 году окончил Афинскую консерваторию, затем учился в Париже..
В Грецию вернулся в 1959 году и организовал оркестр в Афинах. Занимался также политической деятельностью, в частности был депутатом парламента от Единой левой демократической партии (1964-1967).
В 1966 году музыку Теодоракиса запретили на греческом радио, и он выпустил "Манифест Ламбракидес: Кто мы? Чего хотим? Почему они нападают на нас?", где жестко выступил против королевской семьи, и вообще демонстрации против нее все чаще и чаще стали проводиться в Греции, и король обещал выборы в 1967 году. Но примерно за месяц до них случился переворот - власть захватили "черные полковники". Все ведущие политики были арестованы ими, было введено военное положение, пытки и цензура стали обычным делом.
Когда опубликовали список запрещенных работ, то там были и классические трагедии, и болгаро-греческий словарь (а потому что тоже коммунисты), и вообще все связанное с коммунизмом, и, естесственно, все произведения Теодоракиса. Теодоракис тут же ушел в подполье и решил издавать газету "Новая Эллада". Но через пару месяцев после этого Теодоракиса арестовали.
В октябре 1967 года Теодоракис устроил голодовку в знак протеста против того, что его не приняли в качестве свидетеля по делу его друзей по Отечественному фронту, которые были арестованы. Неуемного Теодоракиса через десять дней доставли в бессознательном состоянии в тюремную больницу Авероф. Но власти все равно не разрешили ему принять участие в суде, чтобы создать видимость, что он предал друзей.
Еще через месяц наступило Рождество и заключенным разрешили быть вместе, которые при этом слушали песни Теодоракиса. Также в честь праздника сотне заключенных была объявлена амнистия. Но не Теодоракису.
В 1968 году Теодоракиса освободили, запрет на его музыку сняли, при условии, что он отказывается от участия в политике страны, он высказался "Я не принимаю компромиссов", и после пяти месяцев заключения Теодоракис с семьей стал жить во Врахати.
Манолис Глезос и Микис Теодоракис
Через полгода запрет на музыку Теодоракиса снова вступил в силу, а еще через полгода Теодоракиса с семьей перевели в Затуну, в Аркадии.
В ноябре 1968 года немецкая телевизионная группа вернулась в Германию с записями Теодоракиса, где содержатся его обращения к генеральному секретарю ООН, где он описывает условия его содержания. Через полгода Теодоракиса перевели в концлагерь "Оропос" близ Афин с более мягкими условиями, но фотографии, тайно сделанные его отцом там и показывающие больного человека, были опубликованы по всему миру.
Министру внутренних дел Греции была послана петиция от Академии Искусств в Берлине, подписанная Стравинским, Блахером, Булезом и другими. Со стороны США также за освобождение высказались такие известные деятели как Бернстайн, Миллер, Блафонте, Олби, а со стороны СССР был Шостакович. Вследствие такого международного давления Теодоракису в 1970 году было разрешено покинуть Грецию, и он уехал в Париж.
До падения военной хунты жил жил и работал во Франции.
В 1980-1990 годах несколько раз избирался в парламент, был министром.
Теодоракис всю жизнь боролся за общечеловеческие ценности, за демократию в Греции. Создал Движение Независимых Граждан под названием "Искра".
Микис и Фидель:
Однажды в интервью с ним журналист описал его как героя, на что Теодоракис ответил, что он не герой, герои умирают молодыми, а он обычный человек, выполняющий свой долг...